ავთანდილ კობახიძე 1992 წლის ოქტომბერში სოხუმის სამხედრო კომისარიატში გამოცხადდა. ჩაირიცხა საქართველოს რესპუბლიკის თავდაცვის სამინისტროს მე-2 საარმიო კორპუსის საინჟინრო-მესანგრეთა ბატალიონის რიგებში.
ავთანდილ კობახიძე სამსახურებრივ მოვალეობას პირნათლად ასრულებდა,არაერთხელ იყო გასული ფრონტის წინა ხაზზე აღდგენითი სამუშაოების ჩასატარებლად.
ერთ-ერთი მორიგი დავალების შესრულებისას,1993 წლის 23 სექტემბერს ,რიგითი ავთანდილ კობახიძე თანამებრძოლებთან ერთად მტრის ალყაში მოექცა და იქვე დახვრიტეს.
ავთანდილ კობახიძე დაკრძალულია ქალაქ სოხუმში.